Работа, посвященная созданию платформы SOAR, опубликована в журнале Science Advances. Ученые из Северо-Западного университета представили самый крупный в своем роде открытый ресурс, направленный на ускорение разработки лекарств. Платформа объединяет данные пространственной транскриптомики — технологии, которая позволяет видеть, какие гены активны в разных участках ткани, и как клетки взаимодействуют между собой.
SOAR содержит информацию из 441 набора данных от 19 разных компаний. Это более 3400 образцов тканей от 13 видов, включая человека, и охватывает 42 типа тканей — от мозга до кишечника. Пользователи могут видеть, как включаются или отключаются гены в зависимости от локализации, и как определенные вещества влияют на клетки. По словам ведущего автора Юаня Ло, платформа служит своего рода «молекулярным GPS» — она помогает исследователям точно определять ключевые биологические процессы, связанные с болезнью.
SOAR помогает изучить изменчивость и взаимодействия, чтобы дать исследователям понимание того, какой механизм работает, и они могут лучше понять, что лежит в основе заболевания.
SOAR уже применяют для изучения таких состояний, как синдром раздраженного кишечника и рак молочной железы. По словам Ло, критично не только то, что делает клетка, но и где она это делает. Иммунные клетки, атаковавшие «не там», могут вызвать воспаление. А бездействие рядом с опухолью — дать ей вырасти.
Исследования, способные показать, как именно и где «говорят» наши гены, открывают новую эру в медицине — когда диагноз ставится не только по анализу, но и по пространственной логике тела. Подобный сдвиг в подходах к диагностике уже происходит и в России: ранее мы рассказали, как отечественный сканер с ИИ помогает врачам выявлять рак на самых ранних стадиях.