Международная группа исследователей при участии ученых из НИУ ВШЭ обнаружила у пациентки из Калуги вариант коронавируса, который почти два года развивался внутри организма. Обычно SARS-CoV-2 вызывает острую инфекцию и быстро исчезает, но у людей с ослабленным иммунитетом вирус способен переходить в хроническое состояние и годами накапливать изменения.
Генетический анализ образца 2022 года показал, что обнаруженный вариант отличается от ближайшего «родственника» в филогенетическом древе 89 мутациями. Этот ранний штамм датируется 2020 годом и давно исчез из циркуляции, что позволяет точно оценить длительность скрытой инфекции — около двух лет. За это время вирус эволюционировал в три-четыре раза быстрее обычных вариантов. 33 из 89 обнаруженных мутаций приходились на спайк-белок, который определяет способность вируса заражать клетки и избегать иммунного ответа.
Несколько мутаций совпали с теми, что ранее находили в сточных водах — там новые варианты часто появляются раньше, чем в клинических образцах. Это может указывать на адаптацию вируса к желудочно-кишечному тракту, еще одной среде, где он способен долго сохраняться и менять свое поведение.
Хотя пациентка никого не заразила, случай показывает, что в организме людей с ослабленным иммунитетом вирус проходит собственный путь отбора, не похожий на то, что происходит при массовом распространении. В таких условиях формируются уникальные комбинации мутаций, и некоторые из них впоследствии появлялись у омикрон-подобных линий. История подчеркивает необходимость внимательного наблюдения за долгими инфекциями, поскольку именно они могут становиться площадкой для ускоренной эволюции коронавируса, оставаясь незаметными для обычной статистики.
Ранее Наука Mail рассказывала о том, какие научные открытия помогут защититься от новых эпидемий.
