В журнале Nature Microbiology опубликовано исследование о новом инструменте TRACS (TRAnsmision Clustering of Strains). Он использует геномику, чтобы различать близкородственные штаммы бактерий и других патогенов — например, вируса SARS‑CoV‑2, бактерии Streptococcus pneumoniae (вызывает пневмонию) и малярийного паразита Plasmodium falciparum.
Сейчас инструменты для отслеживания бактерий не всегда подходят для регулярного мониторинга в здравоохранении: им не хватает скорости и гибкости, сложно добавлять новые образцы и отличать недавнюю передачу инфекции от той, что случилась несколько лет назад. TRACS решает эти проблемы. Это высокоточный и простой в использовании алгоритм, который выявляет небольшие генетические различия (однонуклеотидные полиморфизмы, или SNP) и на их основе оценивает, насколько патогены родственны и могли ли они передаться недавно. Благодаря этому можно непрерывно добавлять новые данные — и точно выявлять сети передачи инфекций.
Ученые проверили TRACS на трех разных наборах геномных данных: о SARS‑CoV‑2 из больниц Великобритании, о Streptococcus pneumoniae и о Plasmodium falciparum у пациентов с малярией. Инструмент смог идентифицировать разные патогены в одном образце и определить, где каждый из них был передан. Еще с его помощью изучили передачу микробов от матерей к младенцам: выяснилось, что полезная бактерия Bifidobacterium breve сохраняется в организме младенцев дольше, чем предполагали раньше.
Исследователи считают, что TRACS поможет эффективнее предотвращать вспышки заболеваний, разрабатывать новые методы лечения и лучше понимать, как микробы передаются между людьми и влияют на микробиом. Это особенно важно для защиты уязвимых групп, например, онкологических больных.
Ранее Наука Mail рассказывала о том, что ученые готовятся протестировать метод обновления стареющих клеток.
