Ученые из Института Сэнгера вместе с коллегами из Зимбабве и Южной Африки разработали геномный метод под названием Phylo-Plex, который можно применять в лабораториях с ограниченными ресурсами. О новом инструменте, который поможет отслеживать вспышки заболеваний, рассказывается в журнале Nature Communications.
Геномное отслеживание вирусных, бактериальных и грибковых патогенов важно как для здравоохранения, так и для научных исследований. Однако полногеномное секвенирование проводить сложно и дорого. Ученые придумали более доступный метод, с помощью которого выявляют самые информативные участки генома, где изменения в ДНК отличают один бактериальный штамм от другого.
Затем Phylo-Plex разрабатывает праймеры — короткие фрагменты ДНК, которые ученые секвенируют вместо всего генома. Исследователи уже проверили свою модель на бледной трепонеме в лаборатории Зимбабве, и эксперимент оказался удачным.
Новый метод не только бюджетный, но и оперативный: с помощью него можно обрабатывать небольшие партии образцов, получая результат за один-два дня. Это позволяет изучать вспышки прямо по мере их возникновения.
В сочетании с дешевой технологией нанопористого секвенирования, новый метод эффективно может применяться в странах с низким уровнем дохода для выявления инфекционных заболеваний.
Ранее Наука Mail рассказывала о том, что ученые нашли слабое место у смертельно опасных кишечных бактерий.