Российские ученые представили фреймворк Harmony, который повышает точность компьютерного моделирования действия лекарств на молекулярном уровне. Об этом рассказали в пресс-службе Института AIRI.
Речь идет о так называемом молекулярном докинге — процессе поиска оптимальной связи между лигандом (малой молекулой) и белком (большой молекулой), которая позволит создать стабильный комплекс.
Для фреймворка сдвиги молекул разбиты на частоты. Подбирая разные их пропорции, нейросеть может выучивать сложные движения и моделировать положение молекул.
«Harmony показал отличные результаты на наборах PDBBind и PoseBusters, которые проверяет корректность белково-лигандных поз, созданных нейросетями. Алгоритм также проверяли на белках EBNA1 и KRAS G12D. Первый отвечает за развитие вируса Эпштейн-Барр, второй — за рост онкологических опухолей. По результатам исследования фреймворк предсказал позу лучше аналогов», — отмечают в AIRI.
Одна из главных проблем молекулярного докинга — стерические столкновения — моделирование невозможных с точки зрения законов физики пересечений между атомами лиганда и белка. Harmony позволил сделать шаг в сторону решения этого вопроса. В дальнейшем наработки, которые были сделаны, будут полезны при решении задач молекулярной динамики
Ранее Наука Mail рассказывала о другой разработке российских ученых — ИИ, который про трехмерной модели молекул идентифицирует химическое вещество.