Ученые из Университета Кобе и Токийского института науки разработали новый способ анализа иммунного ответа организма, который уточняет, какие антитела в крови человека активно боролись с инфекцией, например, с SARS-CoV-2, даже если мы заранее не знаем, как выглядят нужные антитела. Раньше для этого требовались большие базы данных известных антител, но у новых болезней такой информации может не быть.
Метод LM-QASAS работает так: сначала он анализирует последовательности антител из крови человека до и после вакцинации или болезни. Особое внимание уделяется участку антитела под названием CDR-H3, который сильно варьируется и важен для распознавания вирусов. Эти последовательности обрабатываются с помощью специальной языковой модели (AbLang2), которая преобразует их в числовые коды и выявляет схожие по смыслу, даже если они не совпадают дословно. Затем метод ищет, какие группы антител резко появляются на пике иммунного ответа, а потом исчезают — это и есть кандидаты на роль активных борцов с инфекцией.
Исследователи проверили метод на данных 10 человек, переболевших или привившихся от коронавируса. Оказалось, что среди найденных последовательностей гораздо чаще встречаются похожие на известные антитела против SARS-CoV-2, чем при случайном выборе. Более того, данные от девяти человек можно использовать, чтобы создать «псевдобазу» и с ее помощью отследить иммунный ответ у десятого — без всяких внешних справочников.
Это значит, что новый метод может помочь быстро оценивать, как работает иммунитет при новых инфекциях, вакцинах, аутоиммунных и онкологических заболеваниях, даже если о них еще мало что известно. Пока метод тестируется на небольших группах и требует уточнения, особенно когда сигнал слабый.
Ранее Наука Mail рассказывала о том, что геномы летучих мышей хранят тайну долголетия.