В СПбГУ создан инструмент для быстрой диагностики инфекций

Ученые Санкт-Петербургского государственного университета представили отечественную программу Antimicro для расшифровки результатов метагеномного анализа. Разработка не имеет мировых аналогов, так как учитывает особенности микробиома жителей России, и позволит врачам быстро и точно определять возбудителей инфекций даже в самых сложных случаях.

Исследователи СПбГУ позаботились еще и о том, чтобы Antimicro учитывала популяционные отличия микробиома жителей России

Источник: Freepik

Ученые СПбГУ разработали первую в мире компьютерную программу Antimicro для обработки данных метагеномного секвенирования, которая создана с учетом особенностей микрофлоры граждан России. Этот инструмент предназначен для быстрой и точной диагностики инфекционных заболеваний в ситуациях, когда традиционные методы, такие как ПЦР или бакпосев, оказываются неэффективными. Разработка уже прошла стадию прототипа и была представлена на университетском конкурсе стартапов.

Метагеномное секвенирование представляет собой сложный анализ всех микроорганизмов в биологическом образце пациента путем расшифровки их ДНК. Этот метод позволяет выявлять не только бактерии, но и вирусы, грибы, паразитов, а также определять их устойчивость к антибиотикам и патогенный потенциал. Однако существующее программное обеспечение для расшифровки этих данных имеет серьезные недостатки: оно часто на иностранном языке, не имеет подробных инструкций и опирается на базы данных микрофлоры других стран. Antimicro лишена этих минусов.

Пример интерфейса одного из модулей программы Antimicro

Источник: П. А. Сучко

Ключевым преимуществом программы стал учет популяционных отличий микробиома россиян. Как пояснил младший научный сотрудник СПбГУ Лаврентий Данилов, ранее анализ приходилось проводить на основе зарубежных данных, что могло снижать точность диагностики. Теперь же эта проблема решена. Кроме того, вся работа ведется в закрытом контуре, что гарантирует полную защиту персональных данных пациентов и исключает их использование в немедицинских целях.

Программа не только оперативно формирует заключение о видовом составе микроорганизмов и их резистентности к препаратам, но и обладает рядом уникальных модулей. В нее встроен справочник микроорганизмов и лекарственных средств, а также отдельный блок для подбора терапии. Полностью русскоязычный интерфейс и подробные инструкции делают ее доступной для любого врача, экономя время на освоение.

Ранее ученые Санкт-Петербургского государственного университета совместно с коллегами из Института высокомолекулярных соединений синтезировали новый гибридный полимер для целевой доставки генетических лекарств.